重庆大学附属肿瘤医院副研究员
学习经历
2006/09 - 2013/03东南大学硕博连读遗传学博士
1999/09 - 2003/07中国药科大学，生物工程专业，学士
工作经历
2015/12 – 至今重庆大学附属肿瘤医院副研究员
2014/05 – 2015/12重庆市人口与计划生育科学技术研究院助理研究员
2011/02 – 2014/04欧洲分子生物学实验室（EMBL，德国海德堡）访问科学家
2003/07 - 2006/08南京汤泉洋兰有限公司，兰科植物组织培养与育种室技术员
研究方向
熟悉和掌握高通量测序数据、大规模基因-临床数据分析，包括：R语言和Bioconductor编程和应用、Linux编程、ChIP-Seq、转录组、单细胞转录组、基因突变分析等。主要的工作包括大规模基因数据和临床表现挖掘、二代测序技术对癌症相关基因进行高通量靶向检测panel开发应用、遗传病相关基因检测panel的研发和应用、ctDNA甲基化检测技术开发以及生物信息学新的算法、分析流程开发等。发表SCI论文12篇，申请和获得授权国家发明专利3项。近期的研究领域为：（1）基于大规模基因组数据和临床表型数据的分析和挖掘；（2）创新技术的开发与应用，在多层次肿瘤组学（DNA、甲基化、表达、miRNA和蛋白质水平）的手段研究分子表型与临床表型之间的关系；（3）采用CRISPR-Cas9全基因组基因编辑等技术寻找放射治疗、药物敏感或抗拒基因以及作用机制研究；（4）单细胞测序技术开发和应用。
成果
1、研究论文
（1）Chao Tang, Jun Qi , Yan Wu, Ling Luo, Ying Wang, Yongzhong Wu and Xiaolong Shi.Improving the prediction for the response to radiotherapy of clinical tumor samples by using combinatorial model of MicroRNA expression.Frontiers in Genetics,2022：13:1069112(第一作者).
（2）Xu Y, Tang C, Wu Y, Luo L, Wang Y, Wu Y, Shi X. Prediction of Response to Radiotherapy by Characterizing the Transcriptomic Features in Clinical Tumor Samples across 15 Cancer Types. Comput Intell Neurosci. 2022 May 9;2022:5443709(共同第一作者).
（3）Ting Liu, Chao Tang, Xiaolong Shi. Analysis of variants in Chinese individuals with primary open-angle glaucoma using molecular inversion probe (MIP)-based panel sequencing, Molecular Vision 2020; 26:378-391.(共同通讯作者）
（4）Guobing Chen, Chao Tang, Jun Qi, Ying Wang, Xiaolong Shi. A fusion method based on alignment software with SNP and Indel detection methods. Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening, 2022; 25(3):519 - 527（共同第一作者）
（5）Guobin Chen, Jun Qi, Chao Tang, Ying Wang, Yongzhong Wu, Xiaolong Shi. Analysis and Research on Key Nodes of Gene Expression Network Based on Complex Network, Complexity, Volume 2020 |Article ID 8816633.
（6）Zhike Zuo, Chao Tang, Yu Xu, Ying Wang, Yongzhong Wu, Jun Qi,and XiaolongShi.Gene Position Index Mutation Detection Algorithm Based on Feedback Fast Learning Neural Network,Comput Intell Neurosci.;2021 Jul 6;2021:1716182（共同第一作者）
（7）Tang C, Luo L, Xu Y, Chen G, Tang L, Wang Y, Wu Y, Shi X.Sequence Fusion Algorithm of Tumor Gene Sequencing and Alignment Based on Machine Learning; Comput Intell Neurosci.2021 Dec 31;2021:9444194（第一作者）
（8）Li Tang, Chao Tang, Ying Wang and Xiaolong Shi，The Molecular Mechanisms of Trabecular Meshwork Damage in POAG and Treatment Advances.2023,Glaucoma - Recent Advances and New Perspectives.(共同第一作者).
（9）Global analysis of in vivo EGR1-binding sites in erythroleukemia cell using ChIP-sequencing. Electrophoresis, 2010, 31, 2936–2943.（第一作者）
（10）DNA sequencing by synthesis with degenerate primers. Journal of Genetics and Genomics, 2008, 35(9): 545-551.（第一作者）
2、专利授权
（1）施小龙,唐超,张海伟,李丽仙,辇伟奇,核酸靶序列捕获测序文库的制备方法，中国发明专利，201610185978.9（授权）
（2）施小龙,唐超,王颖,吴永忠，基于长链分子倒置探针的核酸靶向捕获测序文库制备方法，中国发明专利，ZL2018101689912（授权）
（3）唐超，施小龙，吴永忠，王颖，綦俊, 2021,一种高通量、高灵敏度检测肿瘤ctDNA甲基化试剂盒的制备方法和应用, CN202111579790.X（2023年授权）
3、项目
（1）CTCFL通过DNA甲基化促进EMT过程增强肿瘤细胞放疗抵抗的机制研究，重庆市自然科学基金，负责人
（2）基于高通量靶向测序的血浆miRNA检测技术研发及肺癌早期诊断模型建立, 2020年-2022年；重庆市科技局；第一参与人
（3）多层次分子检测模型辅助诊断肺小结节恶性程度研究,2018-2021年，重庆市科技局；参与人
（4）肿瘤ctDNA panel研发，横向课题，共同负责人
