学校现拥有附属人民医院、附属肿瘤医院、附属三峡医院、附属中心医院、附属涪陵医院、附属江津医院、附属黔江医院、附属仁济医院、附属沙坪坝医院等9家附属医院。附属医院体系中拥有17个国家临床重点专科（含建设项目），2个国家区域医疗中心（委市共建），89个国家住院医师规范化培训专业基地。近年来，学校按着“学科需求、区域布局、共同发展、迈向一流”的原则逐步构建了较为完备的附属医院体系，校院医教研不断深化融合、协同发展，能够为临床医学精英人才培养提供坚强保障。