重庆大学医学院始建于1946年，1952年全国院系大调整中，并入华西大学（现四川大学华西医学中心）。自上个世纪70年代，重庆大学以生物医学为切入点，发挥工科优势，开始生命与医学领域的学科建设，其中生物医学工程学科为国家一级重点学科，临床医学、生物学与生物化学、分子生物学与遗传学、植物与动物科学、药理学与毒理学等多个相关学科为ESI前1%学科。近年来，为契合“双一流”建设和发展的内在需求，恢复医学学科建设，并于2018年6月，成立重庆大学医学院，为重庆大学医学学科的全面建设迈出了至关重要的一步。医学院建设将契合“双一流”建设和发展的内在需求，坚持“高起点、研究型、入主流、有特色”的建设原则，坚持医工融合，探索与实践新医科的创新型发展路径，逐步布局与完善学科方向，形成鲜明的学科特色，成为我国医学学科领域的重要一极，并将其打造为一流的医学高端人才集聚、新型医学人才培养和医学研究的高地。

医学院复建至今，已经在学科建设、科研平台、人才队伍、附属医院等方面取得了快速的发展，逐步集聚了一支学缘结构合理，拥有外聘院士、国家级（青年）高端人才的高水平学术队伍。学院于2019年获批“基础医学”“临床医学”一级学科硕士学位授权点，2021年获批“临床医学”本科专业，2022年获批“临床医学”一级学科博士学位授权点，2023年获批“教育部智能肿瘤学医药基础研究中心”、“临床医学博士后科研流动站”，现已建成“神经智能研究中心”“精准医学研究中心”“创伤急救研究中心”等研究平台，以及医学公共实验中心和实验动物中心两大科研服务平台，并在神经生物学、肿瘤学、急救与创伤医学、分子医学和再生医学等研究领域形成了一定的学科特色与优势。拥有“重庆大学附属人民医院”“重庆大学附属肿瘤医院”“重庆大学附属三峡医院”“重庆大学附属中心医院”“重庆大学附属涪陵医院”“重庆大学附属江津医院”“重庆大学附属黔江医院”“重庆大学附属仁济医院”“重庆大学附属沙坪坝医院”9家附属医院。