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重庆大学医学院始建于1946年，首任院长是“中国公共卫生之父”陈志潜教授，1952年全国院系大调整中，学院整体并入华西大学（现四川大学华西医学中心）。20世纪70年代起，重庆大学以生物医学为切入点，发挥工科优势，开始生命与医学领域的学科建设。近年来，为契合“双一流”建设和发展的内在需求，学校决定恢复医学学科建设，于2018年6月复建医学院，为重庆大学医学学科的全面建设迈出了至关重要的一步。在遵循医学学科发展规律的基础上，医学院秉持“高起点、研究型、入主流、有特色”的建设原则，坚持医工融合，积极探索与实践新医科的创新型发展路径，逐步布局与完善学科方向，形成鲜明的学科特色，致力培养能够引领与驾驭未来的临床医学科学家，着力打造一流的医学高端人才集聚、新型医学人才培养和前沿医学研究的战略高地。

医学院复建至今，已经在学科建设、科研平台、人才队伍、附属医院等方面取得了快速的发展。学科专业体系方面，学校生物医学工程为国家一级重点学科，临床医学、生物学与生物化学、分子生物学与遗传学、植物与动物科学、药理学与毒理学等5个相关学科进入ESI前1%，并在智能肿瘤学、智慧急救与创伤医学、智慧检验和环境医学等研究领域形成了较为鲜明的学科特色。医学院于2020年开始招收基础医学、临床医学专业的学术型硕士研究生，2022年开始招收临床医学专业本科生，探索“4+1+4”本博贯通临床医学科学家人才培养新模式，2023年开始招收临床医学专业的学术型博士研究生，同年获批临床医学博士后科研流动站。同时还依托生物与医药专业学位授权点开展生物与医药专业的硕、博士层次的招生和人才培养。

师资队伍方面，学院现已集聚一支学缘结构合理、学术底蕴深厚的高水平师资队伍，包括外聘院士、国家级(青年)高端人才等各类高层次人才14人。医教研融合发展，现共有全职博士生导师68人，硕士生导师300余人，为学院高水平人才培养、高质量科学研究与学科内涵式发展提供了坚实的师资队伍支撑与保障。