施小龙

学历:博士

职称:副研究员

邮箱:1582618270@qq.com

研究方向:生物医学高通量基因检测技术研发与应用

学习经历

20059月-20101月 东南大学 生物医学工程 博士

19989月-20017月 兰州大学 细胞生物学 硕士

19949月-19987月 兰州大学 生物学 学士



工作经历

20161月-至今 重庆大学附属肿瘤医院 副研究员

20146-201512 重庆市人口与计划生育科学技术研究院 助理研究员

20108月-20145月 欧洲分子生物学实验室(EMBL,德国海德堡)博士后

20017-20059月 中国药科大学 助教、讲师

20099月-20107月,无锡艾基因信息技术有限公司,研发组长

研究方向、教学课程

从事物医学高通量基因检测技术研发与应用工作,系统掌握多种关键靶向测序技术,尤其在液体活检领域具有专长。主要工作包括:开发并应用癌症相关基因靶向检测Panel;研发遗传病(如青光眼)相关基因检测Panel;开展ctDNA甲基化检测技术开发;建立生物信息学新算法、分析流程并进行大数据挖掘。精通基于多重PCR扩增与探针杂交捕获两类靶向测序技术平台,可实现单管同时扩增100-1000个目标片段,ctDNA检测灵敏度达0.01%突变丰度,模板回收率最高至58%。累计发表SCI论文16篇,申请及授权国家发明专利多项,承担多项纵向与横向科研课题,具备从实验设计、技术开发到数据分析与报告解读的全流程能力。

近期的研究主要围绕以下方向展开:
1)已成功开发并转化基于ctDNA甲基化检测的超高灵敏度肿瘤早筛技术(专利已授权并实现转化)。目前,该技术正在大规模前瞻性肺癌早筛临床试验(队列规模3000-6000例)中开展验证,旨在通过液体活检实现肺癌的极早期精准筛查与风险预警。
2)高灵敏度术后复发监测技术,致力于提升微小残留病灶检出能力,辅助临床治疗决策。
3)基于大规模基因组与临床表型数据的整合分析与深度挖掘,探索疾病发生发展的分子机制与生物标志物。
4)利用CRISPR-Cas9全基因组基因编辑等技术,系统筛选与放射治疗及药物敏感性或耐受性相关的关键基因,并深入解析其分子作用机制

成果

1.研究论文

(1) Chao Tang, Jun Qi , Yan Wu, Ling Luo, Ying Wang, Yongzhong Wu and Xiaolong Shi. Improving the prediction for the response to radiotherapy of clinical tumor samples by using combinatorial model of MicroRNA expression. Frontiers in Genetics, 202213:1069112(通信作者).

(2) Xu Y, Tang C, Wu Y, Luo L, Wang Y, Wu Y, Shi X. Prediction of Response to Radiotherapy by Characterizing the Transcriptomic Features in Clinical Tumor Samples across 15 Cancer Types. Comput Intell Neurosci. 2022 May 9;2022:5443709(通信作者).

3Ting Liu, Chao Tang, Xiaolong Shi. Analysis of variants in Chinese individuals with primary open-angle glaucoma using molecular inversion probe (MIP)-based panel sequencing, Molecular Vision 2020; 26:378-391.(通讯作者)

4Guobing Chen, Chao Tang, Jun Qi, Ying Wang, Xiaolong Shi. A fusion method based on alignment software with SNP and Indel detection methods. Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening, 2022; 25(3):519 - 527(通讯作者)

5Guobin Chen, Jun Qi, Chao Tang, Ying Wang, Yongzhong Wu, Xiaolong Shi. Analysis and Research on Key Nodes of Gene Expression Network Based on Complex Network, Complexity, Volume 2020 |Article ID 8816633 (通讯作者)

6Tang C, Luo L, Xu Y, Chen G, Tang L, Wang Y, Wu Y, Shi X.Sequence Fusion Algorithm of Tumor Gene Sequencing and Alignment Based on Machine Learning; Comput Intell Neurosci. 2021 Dec 31;2021:9444194(通讯作者)

(7) Li Tang, Chao Tang, Ying Wang and Xiaolong ShiThe Molecular Mechanisms of Trabecular Meshwork Damage in POAG and Treatment Advances. 2023, Glaucoma - Recent Advances and New Perspectives. (通信作者).

8)施小龙唐超吴颜綦俊。基于临床肿瘤样本DNA甲基化组的机器学习分类器预测放疗反应。现代医药卫生,2025年11期2606-2514

2、专利

1)施小龙,唐超,张海伟,李丽仙,辇伟奇,核酸靶序列捕获测序文库的制备方法,中国发明专利,201610185978.9(授权)

2)施小龙,唐超,王颖,吴永忠,基于长链分子倒置探针的核酸靶向捕获测序文库制备方法,中国发明专利,ZL2018101689912(授权)

3)唐超施小龙吴永忠王颖綦俊, 2021,一种高通量、高灵敏度检测肿瘤ctDNA甲基化试剂盒的制备方法和应用, CN202111579790.X2023年授权) 

3、专利转化

一种高通量、高灵敏度检测肿瘤ctDNA甲基化试剂盒的制备方法和应用》专利权转让,530万元,202510月,项目主持人。

4、项目

1)基于高通量靶向测序的血浆miRNA检测技术研发及肺癌早期诊断模型建立, 2020-2022年;20万,重庆市科技局;负责人

2) CTCFL通过DNA甲基化促进EMT过程增强肿瘤细胞放疗抵抗的机制研究,重庆市自然科学基金,第一参与人。

(3) 多层次分子检测模型辅助诊断肺小结节恶性程度研究,2018-2021年,20万,重庆市科技局;第一参与人。

4)肿瘤ctDNA panel研发,横向课题,30万,负责人。

(5) 肿瘤样本基因分析合作协议,横向研发课题, 2019-12 至 2023-12, 23万元, 负责人。

(6) 基于染色体结构变异和基因突变的肺癌基因检测panel研发合作协议,横向研发课题, 2019-11 至 2021-11, 15万元, 负责人。