邹凌云

学历:工学博士

职称:研究员

职务:附属中心医院临床数据研究中心主任

邮箱:zoulingyun@cqu.edu.cn

研究方向:医疗健康大数据建模、分析与应用:基于临床数据建模的疾病风险评估方法、诊断及预后预测模型;机器学习与生物信息学: 聚焦血液生物标志物的分子特征解析、应用于液体活检的算法和工具等。

学习经历

2004.03 – 2008.06: 国防科学技术大学,模式识别与人工智能专业(生物信息学方向),工学博士

2001.09 – 2003.12: 国防科学技术大学,模式识别与人工智能专业(机器学习方向),工学硕士

1997.09 – 2001.06: 国防科学技术大学,控制科学与工程专业,工学学士


工作经历

2022.04 – 至今: 重庆大学附属中心医院(重庆市急救医疗中心),临床数据研究中心主任、研究员、博导

2018.03 – 2022.03: 暨南大学附属深圳市宝安区妇幼保健院,妇幼医学研究所首席研究员、科教科主任、教授、硕导

2014.01 – 2018.07: 第三军医大学,生物信息学中心主任、微生物学教研室副教授、硕导

2008.07 – 2013.12: 第三军医大学,生物信息学中心,讲师


学术任职

国家自然科学基金评审专家(2016-2026)

教育部学位论文监测评审专家(2023-2026)

上海市、深圳市、重庆市科技专家库专家

重庆市医疗卫生高级职称评审委员会委员

重庆市医院协会健康医疗大数据专委会 副主任委员

中国妇幼保健协会生物样本与生物信息专委会 常务委员

中国工业与应用数学学会 大数据与人工智能专委会 常务委员

中国生物工程学会 计算生物学与生物信息学专委会 委员


发表文章

代表性论文(15篇)

1.LN Zhou, MX Wangm, L.Zou*.  eccDNA2Ca: An Ensemble Deep Learning Framework for Interpretable Prediction of Cancer-Associated Extrachromosomal Circular DNA. Journal Advanced Research, 2026,2:1-22

2.J. Liu, Y. Wang, L. Zou*, X. Han, M. Lv, X. Deng, et al. Salt-inducible kinase 1 is a key gene in suppressing EVD68-induced asthma by modulating antiviral immunity, Genes & Diseases, 101845, https://doi.org/10.1016/j.gendis.2024.101845 (2025)

3.M. Wang, L. Zhou, W. Tang, L. Zou*. Global Burden of Maternal Disorders and Mortality Among Female Individuals Aged 15-49 Years, 1990-2021, Obstet Gynecol, 146(2):255-266, https://doi.org/10.1097/AOG.0000000000005980 (2025)

4.L. Zou*, K. Chen, X. Hong, B. Ye. Single-cell RNA sequencing reveals immunological link between house dust mite allergy and childhood asthma, Sci Rep, 15(1):16812, https://doi.org/10.1038/s41598-025-01538-6 (2025)

5.L. Zhou, W. Tang, L. Zou*. Characterization, biogenesis model, and current bioinformatics of human extrachromosomal circular DNA, Frontiers in Genetics, 15:1385150, https://doi.org/10.3389/fgene.2024.1385150 (2024)

6.H. Sun, Y. Lv, L. Zou*, EccBase: a high-quality database for exploration and characterization of extrachromosomal circular DNAs in cancer, Computational and Structural Biotechnology Journal, 21: 2591-2601, https://doi.org/10.1016/j.csbj.2023.04.004 (2023)

7.N. Zhao, X. Zhang... L. Zou, et al. SEMA7AR148W mutation promotes lipid accumulation and NAFLD progression via increased localization on the hepatocyte surface, JCI Insight, 7(15):e154113, https://doi.org/10.1172/jci.insight.154113 (2022)

8.Q. Pan, G. Luo... L. Zou, et al. A homozygous R148W mutation in Semaphorin 7A causes progressive familial intrahepatic cholestasis, EMBO Mol Med, 13(11):e14563, https://doi.org/10.15252/emmm.202114563 (2021)

9.R. Ma, Y. Luo, J. Wang... L. Zou*. Ten-year time trends in preterm birth during a sociodemographic transition period: a retrospective cohort study in Shenzhen, China, BMJ Open, 10(10):e037266, https://doi.org/10.1136/bmjopen-2020-037266 (2020)

10.H. Pi#, M. Li#, L. Zou#, et al. AKT inhibition-mediated dephosphorylation of TFE3 promotes overactive autophagy independent of MTORC1 in cadmium-exposed bone mesenchymal stem cells, Autophagy, 15(4): 565-582, https://doi.org/10.1080/15548627.2018.1531198 (2019)

11.C. Zeng, L. Zou*, An account of in silico identification tools of secreted effector proteins in bacteria and future challenges, Briefings in Bioinformatics, 20(1):110-129, https://doi.org/10.1093/bib/bbx078 (2019)

12.X. Zhao, Z. Zhang, B. Hu, W. Huang, C. Yuan, L. Zou*, Response of Gut Microbiota to Metabolite Changes Induced by Endurance Exercise, Frontiers in Microbiology, 9:765, https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.00765 (2018)

13.H. Zhang, X. Qiu... L. Zou, et al. A dye-assisted paper-based point-of-care assay for fast and reliable blood grouping, Science Translational Medicine, 9(381):eaaf9209, https://doi.org/10.1126/scitranslmed.aaf9209 (2017)

14.J. Yang, L. Zou, Y. Yang, et al. Superficial vimentin mediates DENV-2 infection of vascular endothelial cells, Scientific Reports, 6:38372, https://doi.org/10.1038/srep38372 (2016)

15. X. Zhao, C. Chen, X. Jiang, W. Shen, G. Huang, S. Le, S. Lu, L. Zou*, et al. Transcriptomic and Metabolomic Analysis Revealed Multifaceted Effects of Phage Protein Gp70.1 on Pseudomonas aeruginosa, Frontiers in Microbiology, 7:1519, https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.01519 (2016)


科研项目

代表性科研项目(10项)

1. 重庆市科卫联合医学科研重点项目,基于知识图谱的血浆 eccDNA 特征解析及面向无创诊断应用的算法研究(2024ZDXM011);项目负责人(2024.01 – 2026.12)

2. 重庆市教委科学研究重点项目,基于深度预训练模型的血浆 eccDNA 知识图谱建立及标志物筛选算法研究(KJZD-K202300101);项目负责人(2023.10 – 2026.09)

3. 重庆市自然科学基金面上项目,临床大数据支持下围生期 VTE 风险的智能预警模型和算法研究(CSTB2023NSCQ-MSX0237);项目负责人(2023.07 – 2026.06)

4. 深圳市科技创新委员会基础研究面上项目,孕产妇静脉血栓栓塞临床智能预警模型及相关算法研究(JCYJ20190809182411369);项目负责人(2020.01 – 2023.12)

5. 国家自然科学基金面上项目,细菌 VI 型分泌系统稳定肠道菌群结构的计算模型和方法研究(31771468);项目负责人(2019.01 – 2022.12)

6. 国家重点研发计划子课题,胰腺癌转移的新型阶段化分子特征谱研究及多中心验证(2017YFC1308601);子课题负责人(2017.07 – 2020.12)

7. 国家自然科学基金面上项目,基于特征挖掘和机器学习的细菌 VI 分泌系统效应分子的功能分类、计算预测和实验验证(31571352);项目负责人(2016.01 – 2019.12)

8. 国家自然科学基金青年基金,细菌 IV 分泌系统效应分子的特征挖掘、计算预测和初步实验鉴定研究(31301097);项目负责人(2014.01 – 2016.12)

9. 重庆市高等教育教学改革研究重大项目,生物信息学课程建设的实践研究(131002);项目负责人(2013.10 – 2015.12)

10.重庆市自然科学基金面上项目,β 筒形跨膜蛋白拓扑结构预测方法研究(CSTC, 2010BB5172);项目负责人(2010.10 – 2013.10)


获奖情况

2015年 第三军医大学教学成果一等奖《生物信息学课程和平台的创立、建设和实践》


发表专著

1. 编委 《生物信息学(第二版)》 国家普通高等教育“十二五”规划教材,人民卫生出版社,2015年

2. 编委 《生物信息学》 国家普通高等教育“十一五”规划教材,人民卫生出版社,2010年


其他知识产权

1. 发明专利:基于多模态数据融合的孕产妇静脉血栓栓塞症动态风险评估系统及其方法(202511091505.8)

2. 发明专利:一种基于 eccDNA 的癌症液体活检人工智能辅助诊断系统及方法(202511413511.0)

3. 发明专利:一种预测细菌IV型分泌系统效应分子的方法(201610222292.2)

4. 发明专利:能与血管表皮生长因子受体特异结合的多肽及其运用(201110043529.8)

5. 软件著作权:细菌外膜蛋白预测软件(2016SR071060)